Tutorial alla ricerca con PubMed

Una guida semplice e pratica per la ricerca su PubMed
Di Il Team di Oukside

Tutorial alla ricerca con PubMed

Questo tutorial vuole essere di aiuto a tutti coloro che utilizzano la ricerca con PubMed, il grande motore di ricerca per le pubblicazioni scientifiche, ma che spesso si trovano spiazzati vista la mole di materiale giornalmente pubblicato.

La guida alla lettura degli articoli scientifici è invece argomento a parte, trattato in maniera esaustiva nella guida alla ricerca scientifica.

Parte dell’articolo è tratta da un sunto dell’articolo (ricercabile ironicamente su PubMed) Searching the Medical Literature Using PubMed: A Tutorial di Ebbert e colleghi.

Considerazione: prima di tutto, il buon senso

Come in tutto, occorre utilizzare una buona dose di buon senso. Non sarà mai possibile per nessuno conoscere tutti gli articoli pubblicati; sarebbe impossibile seguire quelli pubblicati ora dopo ora, figuriamoci giorno per giorno.

Per questo motivo, per fare buona ricerca bisogna utilizzare la ragione e un pizzico di intuito. Che senso ha voler leggere tutto quando potrebbe bastare leggere gli articoli salienti?

Un esempio potrebbe essere di quello di chi, per provare o confutare una ipotesi, cerca determinate parole chiave ritrovandosi studi eseguiti dalle stesse persone, semplicemente ad anni differenti.

È abbastanza scontato comprendere come questi Ricercatori arrivino a conclusioni simili: in sostanza, leggere una dozzina di paper dello stesso laboratorio, ad anni differenti, può essere una perdita di tempo. Potrebbe bastare leggere l’ultimo pubblicato, che riassume tutti i precedenti.

Molto più indicativo potrebbe essere il caso in cui vengono individuate le stesse conclusioni da Ricercatori differenti, in laboratori differenti, aree geografiche distanti tra loro e anno/mese molto vicino: in questo modo le possibilità che i due gruppi abbiano potuto influenzarsi sono ridotte all’osso.

Come fare ricerca su PubMed

Detto ciò, andiamo a vedere come fare buona ricerca su PubMed tramite l’utilizzo sapiente delle funzioni che il grande database ci mette a disposizione.

Innanzitutto, l’accesso. Ecco il link a cui accedere a PubMed per effettuare le ricerche nel suo database: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed. Secondariamente, cerchiamo di capire che non basta inserire una accozzaglia di parole chiave e cliccare su uno dei primi risultati che vengono mostrati.

Query di ricerca e funzionalità avanzate: esempio guida

Una volta fatto accesso a PubMed, la prima cosa che vi salta all’occhio è la barra di ricerca; un po’ come in Google, solo che compare qualche opzione in più. Per il momento non ci interessa: concentriamoci sull’essenziale per fare una ricerca con senso e criterio.

Procediamo insieme, dunque, alla ricerca all’interno del database, di un argomento molto in voga attualmente: Digiuno Intermittente. Ovviamente, dovrete utilizzare l’Inglese, per cui la vostra query di ricerca dovrà essere Intermittent Fasting. Inseritela nella barra e cliccate su Search o premete Invio.

Quello che avrete di fronte sarà il risultato della ricerca, con le pubblicazioni ordinate per data: dalla più nuova (cima) alla più vecchia (coda; dopo molte pagine, nel nostro caso).

Come potete vedere, comunque, avete la possibilità di cambiare sia il numero di articoli presenti su una pagina, sia l’ordinamento: per data, per pertinenza, per Autore, e tanto altro.

Questo già vi porta a un livello “superiore” nell'esperienza PubMed: provate a cambiare l’ordinamento della ricerca cliccando sul menù a tendina Sort by e quindi su Relevance. Nel caso in cui la vostra ricerca fosse davvero Intermittent Fasting, avreste già risparmiato molto tempo avendo a disposizione gli studi più rilevanti.

Utilizzo degli operatori booleani

Non finisce qui: nella stringa di ricerca (ciò che scrivete nella barra di ricerca) potete inserire gli operatori booleani per ampliare o restringere la vostra ricerca. Gli operatori booleani sono una serie di operatori che vi permettono di raffinare la vostra ricerca.

Questi operatori sono:

  • AND. Tramite questo operatore potete dichiarare che volete cercare un termine di ricerca e un altro termine, cioè devono essere presenti contemporaneamente. Ad esempio, scrivendo Intermittent Fasting AND Ketogenic Diet, il sistema cercherà tutto ciò che parla di Digiuno Intermittente e Dieta Chetogenica, escludendo tutto ciò che parla di Digiuno Intermittente e… Tutto il resto. Troveremo, per cui, esclusivamente i risultati che parlano di Intermittent Fasting e Ketogenic Diet insieme, e saranno esclusi i risultati che trattano i due argomenti separatamente. Provare per credere: la ricerca, come sopra impostata, restituirà la correlazione tra IF e KD in specie per il trattamento di alcune condizioni neurologiche o i nuovi sviluppi di ricerca in relazione ai tumori.

  • OR. Tramite questo operatore si specifica che si vuole cercare un termine o un altro, in una sorta di somma non esclusiva, quindi i due termini possono non essere presenti contemporaneamente. Nell’esempio sopra, se avessimo cercato Intermittent Fasting OR Ketogenic Diet, il sistema avrebbe cercato tutto ciò che contiene informazioni riguardo all’IF, o alla KD, o entrambi (quindi la somma di tutte le ricerche che trattano uno, l'altro, o tutti e due gli argomenti).

  • NOT. Questo operatore è molto interessante: permette di escludere termini di ricerca dalla propria ricerca. Continuando l’esempio, scrivere Intermittent Fasting NOT Ketogenic Diet fa comparire tutto ciò che parla di IF ma non di KD.

Gli operatori possono essere utilizzati anche in maniera combinata: ad esempio volendo cercare tutto ciò che parla di Digiuno Intermittente e Dieta Chetogenica ma non di queste in relazione a cancro/tumore (Cancer), dovremmo scrivere

(Intermittent Fasting AND Ketogenic Diet) NOT (Cancer OR Tumor)

Notate l’utilizzo delle parentesi: esse servono per far comprendere al sistema la sequenza con la quale applicare gli operatori. Di default, questa è sinistra-destra; guardate quindi la differenza togliendo quelle parentesi: 8 risultati (ottima ricerca, molto specifica) vs 3515349 - oltre tre milioni e mezzo, se vi state cecando a raggruppare le cifre a tre a tre - (pessima ricerca).

In sostanza, senza parentesi, l’espressione avrebbe acquisito il significato:

Cerca:

  • tutto ciò che contiene IF e KD (in quanto l’operatore è tra questi due termini);
  • tutto ciò che contiene KD ma non cancro (in quanto l’operatore è tra questi due termini);
  • tutto ciò che contiene cancro o tumore (in quanto l’operatore è tra questi due termini).

Se non fosse chiaro quanto è pessima la seconda ricerca: se decideste di ritirarvi a fare i topi di biblioteca, per 10 ore effettive ogni giorno (niente vacanze, niente week end, niente pause), assumendo di leggere ben 1 articolo ogni ora, per leggerli tutti ci mettereste 963 anni e 1 mese. Preoccupante quel mese in più, eh? E questo solo per una ricerca somma di tre parole chiave!

Utilizzo dei filtri di ricerca

PubMed consente di restringere ulteriormente la ricerca utilizzando i filtri che potete osservare sulla sinistra. Oltre a quelli presenti, potete cliccare su Show additional filters per attivarne altri (ad esempio: l’età dei soggetti partecipanti ad uno studio).

Provando con Intermittent Fasting AND Ketogenic Diet e impostando Clinical Trials e Humans come filtri, i risultati corrispondenti sono 2. Come vedete, avere in mano questi strumenti permette di risparmiare una marea di tempo per le vostre ricerche.

Utilizzo delle funzionalità di ricerca avanzata

Premessa: cosa sono i termini MeSH

I MeSH terms non sono termini scritti in nero m`ches-ati di biondo. I termini MeSH sono termini indicizzati da PubMed anno dopo anno per aiutarvi nella ricerca. In particolare, quando digitate un termine, PubMed lo confronta con quattro database: quello dei termini MeSH stessi, quello dei giornali, quello delle query comuni e quello degli Autori.

Questo significa che, volendo cercare tutte le pubblicazioni di un Autore, prendiamo ad esempio de Castro JM, non dovreste scrivere altro che de Castro JM nella stringa di ricerca. Provate: vi troverete di fronte tutte le pubblicazioni del Ricercatore de Castro.

Torniamo alla nostra ricerca Intermittent Fasting: scrivendo la query nella stringa di ricerca, cliccando su Invio e andando sulla colonna di destra, a circa metà pagina, troverete questa espressione nella voce Search details:

Intermittent[All Fields] AND ("fasting"[MeSH Terms] OR "fasting"[All Fields])

Come potete osservare, “fasting” è utilizzato come MeSH Terms: il che vuol dire che il sistema ha già incluso tutti i sinonimi medici indicizzati da PubMed per quel termine.

Overview della ricerca avanzata

Per accedere alla ricerca avanzata, dovete cliccare su Advanced, subito sotto la barra di ricerca nella pagina principale; la pagina alla quale accederete si trova a questo link:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced.

A questo punto, vi si apre un mondo. Come potete osservare, tramite dei menù dropdown avete la possibilità di scegliere quale corrispondenza utilizzare per la vostra ricerca (Autore, giornale, argomento principale MeSH, sottotitolo MeSH, e tanto altro), oltre ai cari operatori booleani.

Potrete inoltre, cliccando su Add to history, visualizzare l’anteprima della vostra ricerca con i risultati relativi. Credete che questo sia superfluo? Allora riconsiderate l’esempio precedente, quello in cui avevamo o non avevamo utilizzato le parentesi per la nostra ricerca: cliccando su Add to history e visualizzando l’oceano di risultati, avremmo istantaneamente raffinato la ricerca comparando man mano il numero di risultati trovato.

In questo tutorial non ci spingiamo oltre: le funzionalità sono numerose e sta più a voi scoprirle per capire quale può servirvi di più per una particolare ricerca. Vi lasciamo, comunque, con questo video, direttamente da PubMed, che spiega in maniera chiara e concisa alcune delle maggiori funzioni di PubMed Advanced Search:

Ampliare le conoscenze sull’utilizzo di PubMed

Se volete ampliare le vostre conoscenze per sapere come utilizzare PubMed al meglio, vi consigliamo la visione di questo video, dettagliato ed esaustivo:

Riteniamo che, poste queste basi iniziali, la pratica possa fare la differenza nel vostro utilizzo di PubMed per fare una ricerca con senso e criterio.

Riferimenti

  1. Ebbert JO et al. Searching the Medical Literature Using PubMed: A Tutorial. Mayo Clin Proc. 2003.

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Commenti (5)

  • tiziana donatella corradini

    tiziana donatella corradini

    09 Ottobre 2017 at 23:42 | #

    grazie!

    Rispondi

  • Vincenzo Tortora

    Vincenzo Tortora

    10 Ottobre 2017 at 11:18 | #

    È un piacere poter essere utili.

    Grazie a te.

    Un caro saluto

    Rispondi

  • Francesco Spagnolo

    Francesco Spagnolo

    12 Gennaio 2018 at 22:01 | #

    Sempre molto esaustivo Vincenzo, complimenti per quanto hai realizzato in questi mesi.
    Un ottima , semplice ma soprattutto pratica guida all' utilizzo di PubMed , vuoi per neofiti vuoi per avanzato che necessita di riprendere in mano la semplicità Delle vado, da non dimenticare mai.

    . Un caro saluto.

    Francesco S.

    Rispondi

  • Vincenzo Tortora

    Vincenzo Tortora

    15 Gennaio 2018 at 10:03 | #

    Grazie mille per le tue parole, Francesco. Apprezzo molto... E spero che tutto ciò che sia pubblicato da me e la squadra Oukside sia sempre di valore per formarsi ed educarsi al meglio.

    Un caro saluto

    Rispondi

  • TimothyJete

    TimothyJete

    09 Febbraio 2018 at 05:01 | #

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